Neben den in Mitteleuropa heimischen Arten wie Rot-, und Schwarzwild, Füchsen und Mardern leben in den Wäldern Wildtiere, die man in unseren Wäldern lange nicht mehr gesehen hat. Allerdings wurden manche (wie Wisente und Biber) erst kürzlich wieder angesiedelt. Andere (vereinzelt Wölfe, Bären und Luchse) haben sich bis heute vor allem in den einsamen Wald- und Moorgebieten Estlands halten können. In den Sumpfniederungen Südost-Estlands sieht man immer wieder mächtige Elche mit ihrem eindrucksvollen Schaufelgeweih. Auch Störche gibt es hier noch häufig.
